Sekretariat merupakan unsur pendukung yang memiliki peran penting dalam menunjang kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsi Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD). Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang bertanggung jawab dalam mengoordinasikan pelaksanaan administrasi dan pelayanan internal organisasi.
Sekretariat melaksanakan koordinasi urusan perencanaan, kepegawaian, keuangan, tata usaha, perlengkapan, serta administrasi umum dalam rangka mendukung pelaksanaan tugas seluruh bidang di lingkungan BPKAD. Selain itu, Sekretariat berperan dalam mengoordinasikan penyusunan program dan kegiatan, pengelolaan administrasi, serta penyediaan dukungan teknis dan administratif bagi pimpinan dan seluruh unit kerja.
Melalui koordinasi yang efektif, pelayanan administrasi yang profesional, serta tata kelola organisasi yang tertib dan akuntabel, Sekretariat BPKAD berkomitmen untuk memberikan dukungan optimal terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi BPKAD dalam mewujudkan pengelolaan keuangan dan aset daerah yang transparan, efektif, efisien, dan dapat dipertanggungjawabkan.